En vanlig vintervardag görs 19 000 resor med Saltsjöbanan.

Följande stationer finns vid Saltsjöbanans linje 25: Slussen (Avstängd tills vidare), Henriksdal (Tillfällig slutstation), Sickla, Nacka, Saltsjö-Järla, Lillängen, Storängen, Saltsjö-Duvnäs, Östervik, Fisksätra, Igelboda, Neglinge, Ringvägen och Saltsjöbaden och vid linje 26: Igelboda, Tippen, Tattby, Erstaviksbadet och Solsidan.

Följande stationer är nedlagda: Stadsgården, Fåfängan, Dockans lastplats, Snörom, Lännerstasundet, Vinterbrinken, Pålnäsviken och Dalaröbryggan. Vid Saltsjöbadens station fanns fram till 2004 även ett grenspår med stoppbock strax före den tidigare ändhållplatsen Dalaröbryggan. Spåret revs upp i samband med bygget av nya bostadshus.

Saltsjöbanan har haft en hållplats i Sickla sedan 1 april 1894. Hållplatsens ursprungliga namn var dock Sickla djurgård, men namnet blev Sickla den 15 maj 1898. Själva hållplatsen består av en plattform av betong som är ihopbyggd med Tvärbanans hållplats. Saltsjöbanan är här enkelspårig. Avståndet från ändstationen Slussen är 3,3 kilometer. Hållplatsen har SL-signatur Sik. Antal resenärer på Sickla station är 600 påstigande per dag (2008). Stationen ligger vid västra änden av Sickla köpkvarter. Nacka station ligger i andra änden av det ganska stora köpcentrumet. Från oktober 2017 finns även den sydöstra ändstationen för Tvärbanan här, parallell med Saltsjöbanans station. Omkring år 2025 öppnar en tunnelbanestation i Sickla.

Stationen vid Stadsgården låg litet avsides i förhållande till andra kommunikationer. Därför hade man från början planerat in en färjelinje från Karl XII's torg till Stadsgården. Den första tiden innan Stadsgårdstunneln var klar gick dock färjorna till Tegelviken för anslutning till tågets ändhållplats vid Fåfängan.

1914 beslöt Stockholms stad att bygga Hammarbyleden - en kanal från Saltsjön genom Hammarby sjö (vars yta sänktes) och fram till Mälaren där en sluss anlades. Därför måste man bygga en ny öppningsbar bro för Saltsjöbanan.

Stadsgården

Från Stadsgården skulle banan gå genom en cirka 650 m lång tunnel under Södermalm, och mellan Henriksdal och Sickla måste ytterligare en tunnel av ansenlig längd sprängas genom berget. Järnvägstunneln under Södermalm vid Stadsgården var landets längsta och kallades i folkmun för "Wallenbergs undergång". På grund av topografin var hela järnvägssträckan mycket svårforcerad. Till största delen fick järnvägen anläggas på bankar över vatten och genom skärningar i berg.

Järnvägsbygget avslutades trots alla svårigheter på halva den beräknade tiden, närmare bestämt på sexton månader. Vid bygget utnyttjades de senaste tekniska uppfinningarna bland annat på bergsprängningens område. För själva banarbetet utnyttjades ett mycket stort antal rallare. År 1892 var kostnaderna uppe i 4,7 miljoner kronor. Wallenberg behövde satsa 900.000 kronor som han inte personligen hade och inte fick belasta Enskilda Banken med. Då lät han helt enkelt banken sätta in summan på ett sparkonto i en bank som Ernest Thiel hade startat, Stockholms Diskontobank. Ernest Thiel lånade i sin tur tillbaka samma summa till Wallenberg för placering i Saltsjöbadsprojektet, det vill säga att i praktiken fördes summan från Enskilda Bankens kassa till VD:s privata konto. Kostnaden per bankilometer uppgick till inte mindre än 171.800 kronor.

Tunnel vid Alphyddan mot Henriksdal

Invigningen

Den 1 juli 1893 invigde kung Oscar II och drottning Sofia Stockholm-Saltsjöns Järnväg och samhället Saltsjöbaden. Då banan invigdes den 1 juli 1893 låg ändstationen vid Tegelviken, därifrån gick en ångslup till Karl XII:s torg i Kungsträdgården. Saltsjöbanan var nödvändig för att skapa enkla kommunikationer till och från Stockholm. Banan byggdes med 1 435 mm brett normalspår som även används på stambanorna. Arbetet med att bygga Saltsjöbanan gick med rekordfart. Arbetschefen Birger Stafsing tillträdde sin befattning den 1 juli 1891. Birger Stafsing var ingenjör vid statens järnvägsbyggnader 1881–1891 och han var arbetschef för anläggningen av Saltsjöbaden och Saltsjöbanan 1891–1894. Redan i juli två år senare, 1 juli 1893, kunde således bansträckan Tegelviken-Saltsjöbaden invigas. Saltsjöbanan öppnades för allmän trafik den 23 december 1893, det vill säga trafiken från Saltsjöbaden till Stadsgården. Stadsgårdstunneln var då Sveriges längsta järnvägstunnel med sina 643 meter. Vid Stadsgården fanns då bara en enkel stationsbyggnad med tak över plattformen. Till en början var Tegelviken således ändstationen för Saltsjöbanan i Stockholm. Då var banans sträckning från Saltsjöbaden och fram till Fåfängan, eftersom Stadsgårdstunneln ännu inte var klar. Den långa tunneln under Erstaberget på Södermalm, Stadsgårdstunneln, stod klar i slutet av år 1893 och då fick Saltsjöbanan Stadsgården som slutstation istället.

Ångsluparna trafikerade då sträckan Stadsgården - Karl XII:s torg. Stadsgården i Stockholm sträcker sig från Södermalms nordsida mellan Karl Johansslussen i väster och till Masthamnen i öster. Det är Stockholms Hamnars kajanläggningar mot Östersjön. Den äldre svenska benämningen på ett område för hamn- och varvsverksamhet är "gård", som syftar på "skeppsgård". Stadsgårdstunneln är Saltsjöbanans första av tre tunnlar. De andra är Henriksdalstunneln som är 337 meter lång och Tattbytunneln som är ca 125 m lång mellan hållplatserna Tattby och Erstaviksbadet. Tattby är ett villaområde i Saltsjöbaden inom Nacka kommun. Det har namn efter ett torp omtalat som Tottaboda 1552 och Tattareboda 1573. Båttrafiken upphörde 1936 då tågtrafiken utsträcktes till Slussen.

Saltsjöbanan västerut vid Tegelviken och Erstaklippan

Följande stationer fanns längs banan 1893: Stadsgården, Fåfängan, Henriksdal, Sickla, Djurgården, Jerla (Saltsjö-Järla), Duvnäs, Lännerstasundet (ungefär mittemellan nuvarande Österviks och Fisksätra hållplatser), Neglinge, Ringvägen och Saltsjöbaden. Senare tillkom Nacka station, Storängens station, bägge 1904 och Lillängens station 1937. 1913 öppnades en ny bandel, grenbanan Igelboda-Solsidan, med Solsidans station som ändhållplats. Neglinge kom att bli knutpunkt för järnvägen. Här byggdes lokstallar och reparationsverkstäder, Neglingedepån, där också banans vagnhall och trafikledning är placerad.

Fram till 1913 bedrevs trafiken med ångtåg, därefter elektrifierades banan, bland de första i Sverige. Den hade en i Sverige ovanlig spänning, 1 500 V likström, även om den blev vanlig i andra länder. På 1970-talet ändrades spänningen till 750 V (samma som tunnelbanan) i och med införandet av nya tåg av tunnelbanemodell.

Banan var redan från start mycket lönsam, bland annat genom den godstrafik som Wallenbergfamiljens företag i Nacka genererade, till exempel Atlas Diesel, de Lavals Ångturbin med flera.

Banan slutade ursprungligen några hundra meter öster om Slussen där ett stationshus restes 1914 (numera känt som Sjömansinstitutets hus). I samband med utbyggnaden av den nuvarande Slussen-anläggningen godkände stadsfullmäktige 1935 en överenskommelse mellan staden och Saltsjöbanan om en förlängning av banan in till markplanet under Slussen, och 1936 flyttades slutstationen till sitt nuvarande läge.

Stationshusen

Längs banan utformades stationshusen ganska enhetligt med nationalromantiskt inspirerad träpanel, spröjsade fönster, svarvade detaljer och stora ibland valmade tegeltäckta tak. Stationen i Saltsjöbaden gavs dock ett monumentalare utseende med svarvade pelare och tinnar och torn försedda med lökkupoler. Stationshuset började byggas på hösten 1891 och 1893 invigdes en magnifik stationsbyggnad. Även den lilla biljettkiosken och väntsalen vid Ringvägens hållplats gavs en speciell utformning med flera nationalromantiska detaljer.

Saltsjöbaden

Duvnäs

Neglinge

Nacka

Neglinge stationshus brann ner den 29 februari 1980 men ett nytt stationshus byggdes. Tattby stationshus brann ner 1975 och byggdes inte upp igen. De äldre stationshus som idag finns bevarade är vid Nacka station, Saltsjö-Järla, Lillängen (1930-tal), Storängens station, Saltsjö-Duvnäs, Igelboda, Ringvägen och Solsidan. Av dessa är Storängens och Saltsjö-Duvnäs stationer samt biljettkioskerna/väntkurerna vid Ringvägen, Lillängen och Saltsjö-Järla (1950-tal) de bäst bevarade.

År 1964 träffades den så kallade Hörjelöverenskommelsen om samordning av all lokal kollektivtrafik i Stockholms län, och från 1969 tog Stockholms läns landsting via det nya bolaget SL över driften.

Saltsjöbanans långa viadukt vid Tegelviken var från början kortare och hade en mera sydlig sträckning över Folkungagatan. Nuvarande viadukt kom till i slutet på 1970-talet samtidigt med Londonviaduktens nya sträckning. Tre av de ursprungliga bropelarna finns fortfarande kvar vid Folkungagatan. Förbindelsen var ursprungligen en viadukt med verkstads- och lagerlokaler inunder. I och med Tegelvikens utfyllnad under åren 1898–1910 och Stadsgårdens färdigställande invigdes denna bro den 2 augusti 1910 i närvaro av några kommunalmän från London, som gästade Stockholm. Man föreslog då att byggnadsverket skulle heta Londonviadukten, namnet fastställdes år 1911.

Londonviadukten byggs 1910